Sy. Down, osim promjene u broju kromosoma, prati niz promjene na različitim sustavima u tijelu. Doktoru dentalne medicine zanimljive su promjene stomatognatog sustava. 

Osobe s Downovim sindromom sklonije su gingivitisu i parodontitisu, što se objašnjava slabim imunološkim sustavom. Nadalje, prisutna je makroglosija (uvećan jezik), hipotonija usana, disanje na usta (koje prati suhoća usne šupljine), visoko nepce i tzv. crowding zuba. Uz klasu III, zbog slabo razvijene maksile, nalazimo i križni zagriz lateralnog sektora, zakašnjeli gubitak mliječnih i nicanje trajnih zuba. Krune zuba su morfološki promijenjene, a korijenovi zuba kratki. Prisutna je i hipodoncija.